Jirô is een jongen met het vermogen om met dieren te praten. Opgegroeid bij zijn grootvader en getraind als ninja, wordt hij gemeden door anderen vanwege zijn anders-zijn. Hij vindt troost bij dieren en beschermt hen. Op een dag redt hij Ragô, een gewonde zwarte kat, maar ontdekt dat het geen gewone kat is, maar een mononoke, een geest die wordt opgejaagd door een mysterieuze organisatie. Zonder aarzeling besluit Jirô hem te helpen.